섹션 1. 바이오파이썬 1장 바이오파이썬 소개 1.1 바이오파이썬이란 1.2 바이오파이썬으로 할 수 있는 일들 1.3 정리 1.4 연습문제 2장 바이오파이썬 설치 2.1 아나콘다파이썬 설치 2.2 바이오파이썬 설치 여부 확인 2.3 바이오파이썬 설치(윈도우 2.4 바이오파이썬 설치(맥/리눅스 2.5 바이오파이썬 버전 업그레이드 2.6 바이오파이썬 삭제 2.7 Jupyter Notebook 2.8 연습문제 3장 생물정보학 파일 포맷 소개 3.1 FASTA/FASTQ 3.2 SAM/BAM 3.3 BED 3.4 VCF 3.5 GenBank 3.6 XML 3.7 JSON 3.8 정리 3.9 연습문제 4장 유전자 서열 다루어보기 : Sequence 객체 4.1 TATA Box란 4.2 객체란 4.3 Sequence 객체 소개 4.4 Sequence 객체 다루기 4.5 Bio.SeqUtils 모듈 활용 4.6 정리 4.7 연습문제 5장 Sequence record 객체 5.1 SeqRecord 객체 5.2 SeqRecord 객체의 속성 5.3 SeqRecord 객체 만들기 5.4 SeqRecord 객체 간 비교하기 5.5 정리 5.6 연습문제 6장 FASTA, FASTQ, GenBank 파일 : Sequence 읽기 6.1 SeqIO 모듈로 Sequence 파일을 읽는 두 가지 방법 - FASTA 파일 읽기 6.2 SeqIO.parse( 메서드로 FASTQ 파일 읽기 6.3 GenBank 파일 읽기 6.4 인터넷을 통한 파일 읽기 : CCR5 유전자와 HIV 저항성 6.5 정리 6.6 연습문제 7장 인간과 다른 동물은 얼마나 다를까? 종 간 차이점의 비밀: Multiple Sequence Alignment 7.1 Multiple Sequence Alignment 준비 과정 7.2 Multiple Sequence Alignment 파일 읽기 7.3 Alignment 다루기 7.4 Alignment 툴 MUSCLE 7.5 WebLogo로 보존 서열 알아보기 7.6 계통수 그
실제로 현업에서 사용하는 바이오파이썬 모듈과 100개의 프로그래밍 예제를 통해
생물정보학 파이썬 프로그래밍의 기초를 쌓을 수 있는 도서!
쏟아지는 생물정보 빅데이터를 처리함에 있어 배우기 쉽고 원하는 결과를 신속하게 만들어 낼 수 있는 파이썬은 이 시대의 단연 인기 있는 언어다. 바이오파이썬은 파이썬 라이브러리 중 하나로 유전체 데이터 서열을 읽거나 생물정보 데이터 다루기, NCBI와 같은 웹 정보 가져오기 그리고 생물정보 분석 툴 실행 등의 기능을 할 수 있다.
본 도서에서는 각 장마다 바이오파이썬의 모듈들을 학습할 것이다. 실무에서 뛰고 있는 의생명연구자 및 생물정보학에 관심이 있는 분들이 연구에 즉시 활용할 수 있도록 실제 생물정보 데이터를 가지고 예제와 연습문제를 꾸려보았다. 또한 기초 생물정보학 파이썬 프로그래밍의 실력 향상을 위해 100개 문항의 연습문제도 구성하였다. 각 장의 내용을 학습하고 연습 문항을 해결하다 보면 각종 생물정보 문제를 손쉽게 해결할 수 있으리라 믿어 의심치 않는다.
이 책의 특징
o 실제 생물정보학 예제를 활용한 바이오파이썬 모듈의 학습
o 실전과 같은 예제와 연습 문항으로 즉시 현업에 활용 가능
o 100개의 파이썬 문항으로 기초 생물정보학 프로그래밍 연습
이 책이 필요한 독자
o 바이오파이썬으로 생물정보학을 배우고 싶은 의생명연구자
o 파이썬으로 생물정보학 데이터를 다루고 싶은 개발자
o 실제 코딩 문제를 해결하며 생물정보학 파이썬 프로그래밍 실력을 올리고 싶은 학습자
독자대상
초중급
소스코드 다운로드
https://github.com/bjpublic/biopython
최근 4차 산업혁명과 맞물려 컴퓨터 프로그래밍에 대한 관심이 매우 크다. 이러한 관심에 힘입어 컴퓨터공학 전공자들
